Peu après la bataille de Géonosis la CSI (souhaitant frapper à la source) attaque les complexes de clonage de la planète Kamino dans le but de stopper la production de clones. Heureusement pour la République, les Jedi Aayla Secura et Quinlan Vos ont découvert les plans de l’ennemi et la défense de Kamino peut s’organiser avant la bataille proprement dite. Les forces séparatistes sont menées par un général Mon Calamari renégat nommé Merai (inféodé aux Quarrens). Celui-ci est un brillant stratège et grâce à son ingéniosité, les droïdes de combat manquent de peu la destruction de toute une génération de clones. Mais grâce à l’intervention d’Obi-Wan Kenobi, d’Anakin Skywalker, de Shaak Ti et du clone Alpha 17, un ARC Trooper (beaucoup plus proche de Jango Fett que les clones de base), les futurs soldats de la République seront sauvés. Merai, quant à lui, se sacrifie afin de faire exploser les anneaux de propulsion hyperespatiale des chasseurs Jedi, permettant ainsi aux séparatistes de s'échapper. Quelque temps après la bataille de Kamino, les séparatistes s’en prennent à Ohma-D'un, une lune de la planète Naboo où réside une colonie gungan. Ils testent sur la population locale un nouveau gaz mortel qu’ils ont créé. N’ayant plus de contact avec les colons, Boss Nass (leader des Gungans) s’inquiète et demande l’aide de la République qui dépêche sur place un petit commando composé d’Obi-Wan Kenobi, d’Anakin Skywalker, d’Alpha 17, de la padawan Zule, de son maître, Glaive et d'une dizaine de soldats clones. Mais une fois arrivés dans les marais d’Ohma-D'un, ils sont intoxiqués par le gaz et prit en embuscade par Durge et Asajj Ventress. Pendant que leurs compagnons s'opposent aux deux généraux séparatistes, Anakin et Alpha 17 parviennent pas à détruire les transports qui devaient convoyer le gaz jusqu’à Naboo afin d'en exterminer les habitants. Si Glaive se fait décapiter par l'ennemi tandis que Zule perd un de ses bras, le commando parvient toutefois à fuir la lune.